Церковь размещалась на улице Марата с середины XIX века.

Решение приняли в Росимуществе. Музейному хранилищу помещения были переданы больше 75 лет назад.
 
Росимущество предложило музею съехать в конференц-зал Арктического и Антарктического научно-исследовательского института, но, по словам директора Виктора Боярского, этот вариант руководство не устраивает. 

По подсчётам, на новое здание потратят 2 миллиарда рублей. Также Боярский отмечает, что у музея есть мечта создать новый комплекс на Ново-Адмиралтейском острове, где сейчас находятся Адмиралтейские верфи. К 2018 году их планируют перенести. 

Ещё один из возможных вариантов — здание на набережной реки Смоленки.